Кто должен платить НДФЛ от дохода при сдаче физлицом нежилого помещения самозанятому?

Добрый день, Елена, налог платит лицо, получающее доход.
В данном случае это вы как арендодатель.
В договоре вы никак это отображать не должны, так как самозанятый не является налоговым агентом по отношению к вам, и не имеет обязанности об удержании с вас НДФЛ и перечислении его в бюджет.
Вы самостоятельно по истечении налогового периода подаете налоговую декларацию и по результатам проверки платите НДФЛ в бюджет.
С уважением,Ю. Кузнецова