Штраф и счет-фактура за выполненные работы?

Вам отвечает эксперт Справочно-правового сервиса Норматив https://normativ.kontur.ru/
Добрый день!
Уточните, пожалуйста. Вы выполнили для заказчика определенную работу, а он выставил вам претензию по какой либо причине и вы теперь должны перечислить ему штраф?
Счет-фактуру на сумму акта вы в любом случае выставляете (поскольку это реализация, которая является объектом налогообложения НДС - п. 1 ст. 146 НК РФ), а со штрафными санкциями мне не совсем понятно кто кому их выставляет.