Что делать с ошибочно пробитыми чеками на аванс при продаже через вендинговый аппарат?

Добрый день.
Если следовать логике формирования чеков, изложенной в 54-ФЗ, то ожидаемо, что на каждый чек на предоплату рано или поздно будет сформирован чек на зачет этой предоплаты.
Если смотреть максимально формально, то ваша ситуация – это отступление от правил формирования чеков. Но, на мой взгляд, это нарушение не критичное, так как оплату в чеке вы отразили, данные отправили в ФНС, т.е. расчет не утаили. Насколько мне известно, ФНС не ставит своей целью сверять количество чеков на получение предоплаты и количество чеков на зачет этой предоплаты. Даже, если нарушение обнаружится, то налоговая пришлет сначала предостережение, и уже если вы не исправите ситуацию, то только после этого последуют санкции.
С учетом этих данных, можете сами принять решение, формировать ли чеки на полный расчет или нет. Для большего спокойствия, вы можете обратиться за официальной позицией в свою ИФНС.

Хорошего дня