Добрый день. вам придется восстановить и уплатить налоги по общей системе налогообложения (НДС и НДФЛ) с момента начала действия патента оплату которого вы просрочили.
Выдержка из одного из последних писем минфина (писем минфина и ФНС с данной позицией много, так что можно считать это официальной точкой зрения):
"В случае если индивидуальный предприниматель совмещает применение патентной системы налогообложения с упрощенной системой налогообложения и утратил право на применение патентной системы налогообложения, то он обязан за период ее применения уплатить налоги в рамках общего режима налогообложения, от которых был освобожден в соответствии с пунктами 10 и 11 статьи 346.43 Кодекса. При этом с доходов, полученных по другим видам предпринимательской деятельности, индивидуальному предпринимателю следует уплатить налог, уплачиваемый в связи с применением упрощенной системы налогообложения."

Ссылка на само письмо: https://normativ.kontur.ru/document?moduleId=1&documentId=264557

Есть еще и арбитраж, например, Постановление Арбитражного суда Уральского округа от 27.01.2015 N Ф09-9245/14
цитата из него "Довод предпринимателя Морозовой И.В. о том, что правовая норма относительно перехода на общий режим налогообложения применима только к налогоплательщикам, которые не применяли иные специальные налоговые режимы и не имели освобождения от обязанности уплачивать определенные виды налогов в связи с применением специального режима налогообложения, судами не принят, поскольку противоречит требованиям налогового законодательства."


Норма кодекса из которой это все следует:
Статья 346.45. Порядок и условия начала и прекращения применения патентной системы налогообложения
6. Налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения с начала налогового периода, на который ему был выдан патент в случае:
1) если с начала календарного года доходы налогоплательщика от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса, по всем видам предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения, превысили 60 млн. рублей;
2) если в течение налогового периода налогоплательщиком было допущено несоответствие требованию, установленному пунктом 5 статьи 346.43 настоящего Кодекса;
3) если налогоплательщиком не был уплачен налог в сроки, установленные пунктом 2 статьи 346.51 настоящего Кодекса.
В случае, если налогоплательщик применяет одновременно патентную систему налогообложения и упрощенную систему налогообложения, при определении величины доходов от реализации для целей соблюдения ограничения, установленного настоящим пунктом, учитываются доходы по обоим указанным специальным налоговым режимам.
7. Суммы налогов, подлежащие уплате в соответствии с общим режимом налогообложения за период, в котором индивидуальный предприниматель утратил право на применение патентной системы налогообложения по основаниям, указанным в пункте 6 настоящей статьи, исчисляются и уплачиваются индивидуальным предпринимателем в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о налогах и сборах для вновь зарегистрированных индивидуальных предпринимателей. При этом указанные индивидуальные предприниматели не уплачивают пени в случае несвоевременной уплаты авансовых платежей по налогам, подлежащим уплате в соответствии с общим режимом налогообложения в течение того периода, на который был выдан патент.
Сумма налога на доходы физических лиц, подлежащая уплате за налоговый период, в котором индивидуальный предприниматель утратил право на применение патентной системы налогообложения в соответствии с пунктом 6 настоящей статьи, уменьшается на сумму налога, уплаченного в связи с применением патентной системы налогообложения.