Контур.Бухгалтерия и Контур.Эльба — в чем разница?

Разница прежде в сего в интерфейсных решениях. Целевая аудитория Эльбы это ИП и директора небольших ООО, которые самостоятельно готовы вести бухгалтерский и налоговый учет. Эльба призвана помочь людям без специальных и углубленных знаний предметной области.
Целевая аудитория Контур Бухгалтерии - бухгалтера со знанием налогового и бухучета. В Бухгалтерии не расшифровываются элементарные вещи, которые должен знать профессиональный бухгалтер, потому без этих знаний работать в Бухгалтерии менее удобно.

Эльба поддерживает ИП и ООО на УСН, ЕНВД и Патенте. Бухгалтерия же поддерживает УСН, ЕНВД и ОСНО.

Есть различия по функционалу. В Эльбе больше сделано для ведения бизнеса, а в бухгалтерии более детальный расчет зарплаты, например в Эльбе нет алиментов, матпомощи сотрудникам и т.д., а в Бухгалтерии есть.