Счета-фактуры с нулевым НДС

Добрый день.

Да, регистрировать в книге покупок необходимо практически все счета счета-фактуры, полученные от продавца: и на авансы, и на отгрузку. Со своей стороны продавец оформляет счета-фактуры на все операции, которые облагаются НДС. И в данном случае не имеет значения, какова ставка налога.
Исключениями являются счета-фактуры, которые получены:
• при безвозмездной передаче товаров (выполнении работ, оказании услуг), включая основные средства и нематериальные активы;
• комиссионером (агентом) от комитента (принципала) по переданным для реализации товарам (работам, услугам), имущественным правам, а также по полученной сумме оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав;
• комиссионером (агентом) от продавца товаров (работ, услуг), имущественных прав, выставленные на имя комиссионера (агента) по товарам (работам, услугам), имущественным правам, а также на сумму оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав (в ред. Постановления Правительства от 30.07.2014 № 735);
• на сумму оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав при безденежных формах расчетов;
• на сумму оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, приобретаемых исключительно для осуществления операций, указанных в пунктах 2 и 5 статьи 170 Налогового кодекса Российской Федерации;
• на сумму оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, составленные и (или) полученные после получения (составления) счетов-фактур при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав.
Согласно положениям п. 3 ст. 169 НК РФ, Постановлению Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 и письму Минфина России от 20.10.2011 № 03-07-09/34 такие счета-фактуры в книгу покупок не вносятся.
Случай с нулевым НДС к исключениям не относится, однако автору вопроса не стоит переживать, если она не включила какие-то счета-фактуры в книгу покупок. Ни НК РФ, ни КоАП не предусматривают ответственность за подобные ошибки.