Если вы не удержали ндфл за 2016 г., у вас в справке 2-ндфл за 2016 г. должна быть заполнена строка 5.7. «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом» и по данному сотруднику сдается отдельный отчет 2-ндфл до 01 февраля 2017 г., а не вместе со всеми до 1 апреля 2017. В новый отчет 2-ндфл за 2017 г. эта сумма не войдет.

В 6-ндфл за 2017 г. сумма доудержанного ндфл должна пройти в 1 разделе по строке 070.
Во 2 разделе (на примере, если доудержали 15.04.2017 с зарплаты за ноябрь 2016 г.):
строка 100 - 30.11.2016
строка 110 – 15.04.2017 (пятница)
строка 120 – 17.04.2017 (понедельник)
строка 130 - часть дохода за 2016 г. с которого налог неудержан
строка 140 - сумма неудержанного налога за 2016 г.

опечаталась......не 15.04.2017, а 14.04.2017