Добрый день!
Вам отвечает эксперт Справочно-правового сервиса Норматив https://normativ.kontur.ru/
При выставлении счетов-фактур по факту исполнения посреднического договора, в частности агентского договора, необходимо учитывать, что по сделке, совершенной агентом с третьим лицом от своего имени и за счет принципала (как в рассматриваемой ситуации), приобретает права и становится обязанным агент, хотя бы принципал и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки (п. 1 ст. 1005 ГК РФ).
В этом случае в силу статьи 1011 ГК РФ на отношения сторон распространяются положения главы 51 ГК РФ (о договоре комиссии). В связи с этим все документы, сопровождающие сделку по такому договору, оформляются изначально на имя агента, в том числе и счет-фактура.
Подробно как правильно построчно заполнить счет-фактуру указано в Постановлении Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 «О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость».
При отгрузке товаров комитент (принципал) выписывает на имя комиссионера (агента) накладную по форме ТОРГ-12 с пометкой «на реализацию». Счет-фактуру на отгруженный товар выставлять не нужно, поскольку комитент (принципал) не продает комиссионеру (агенту) товар, а передает его на реализацию
Далее комиссионер (агент), отгружая товар комитента (принципала) покупателю, выставляет накладную и счет-фактуру в двух экземплярах. Этому счету-фактуре комиссионер (агент) присваивает номер в соответствии с принятым у него хронологическим порядком. Первый экземпляр счета-фактуры он передает покупателю, а второй регистрирует и подшивает в журнал учета выставленных счетов-фактур (так как в данной ситуации ИП должен вести этот журнал).
После реализации товара комиссионер (агент) сообщает комитенту (принципалу) показатели выставленного покупателю счета-фактуры. В свою очередь, комитент (принципал) выставляет на имя посредника счет-фактуру в двух экземплярах. Этому счету-фактуре комитент (принципал) присваивает номер в соответствии с хронологией выставляемых им счетов-фактур. Первый экземпляр счета-фактуры он должен передать комиссионеру (агенту), а второй остается у комитента (принципала).
Выданный комиссионеру счет-фактуру комитент(принципал) должен зарегистрировать в книге продаж. Счет-фактуру комитента (принципала) комиссионер (агента) регистрирует и подшивает в журнал учета полученных счетов-фактур (так как в данной ситуации комиссионер (агент) - ИП).
После отгрузки товара комиссионер (агента) составляет отчет и передает его комитенту (принципалу). К отчету следует приложить копии счетов-фактур, выставленных покупателям. Одновременно с отчетом комиссионер (агента) выставляет комитенту (принципалу) акт на сумму своего вознаграждения.

Следует учитывать, что с 1 января 2015г. лица (организации и ИП), не являющиеся плательщиками НДС либо освобожденные от исполнения обязанностей плательщика НДС, должны будут представлять в налоговый орган журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур в электронной форме, если они одновременно (ст. 174 НК РФ):

- не признаются налоговыми агентами по НДС;
- осуществляют посредническую деятельность на основании договоров поручения, комиссии либо агентских договоров;
- в рамках такой деятельности выставляют либо получают счета-фактуры при реализации (приобретении) товаров (работ, услуг, имущественных прав).

Так как вы собираетесь осуществлять посредническую деятельность в рамках которой будете и получать и выставлять счета-фактуры, и в случае применения вами УСН, то вы обязаны будете ежеквартально в налоговую инспекцию предоставлять журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур.

Всего наилучшего