Чеки при покупке недвижимости в долевую собственность

Александра, добрый день.
Если я верно поняла вашу ситуацию, то ИП или ЮЛ приобретает недвижимость у физических лиц для дальнейшей перепродажи? Если так, то чеки на Расход формировать действительно нужно.

1. Расчеты по аккредитиву относятся к расчетам в безналичном порядке (п. 1 ст. 862 ГК РФ), поэтому чек формировать нужно, так как безналичный расчет происходит с физлицом.
2. Чеки формируют без привязки к договорам, поэтому логика такая: сколько платежей - столько и чеков.
То есть вы верно поступаете, в вашей ситуации нужно сформировать 2 чека с одинаковыми реквизитами и разными суммами.

Хорошего дня