Законно ли выбивать чек Аванса, а закрывающий чек не формировать. Заказ покупателю отправлять с использованием УПД через ЭДО?

Светлана, добрый день
Если я верно поняла, то все оплаты ваши покупатели - ИП И ЮЛ оплачивают на сайте? Т.е. нет оплат в офисе наличными или с предъявлением карты? Если так, то не обязательно формировать чеки. Согласно п. 9 ст. 2 Закона 54-ФЗ, ККТ применяют только, если покупатель-организация или ИП оплачивает товар наличными или с предъявлением карты. Эквайринг на сайте не подразумевает предъявления карты, там просто вводят ее реквизиты. Все остальные способы расчетов между ЮЛ (ИП) освобождены от применения ККТ.
Если все-таки для ваших процессов или вашим покупателям нужно, чтоб чеки на предоплату формировались, то можно, конечно, продолжать это делать.

Теперь про чек на Полный расчет при отгрузке. Опять же в силу п.9 ст. 2 Закона 54-ФЗ такой чек при расчетах между организациями не формируют, так как это чек на зачет предоплаты, а не на получение наличных или оплату картой в офисе.
Опять же, если уж очень хочется такой чек сформировать, то и это можно:) чтобы коды не вывелись из оборота через ОФД, в таких чеках указывают ИНН покупателя, в этом случае, ГИС МТ, получив такую информацию от ОФД не выведет код, а поймет, что товар продан другому юрлицу для дальнейшей продажи.

Хорошего дня