Продолжает ли действовать ЭП сотрудников при смене гендиректора?

Добрый день! Да, могут, смена директора не является основанием для прекращения действия сертификатов сотрудников организации. Также напомню, что описанные вами сертификаты действуют только до 01.09.2024 (согласно вступающим в силу нормам ч. 2.7 ст. 3 Закона 476-ФЗ от 27.12.2019). С сентября сотрудникам потребуется использовать сертификат физлица и МЧД при подписании от лица организации.