Как формировать чект для ФЛ при передаче авансов другому ЮЛ?

Наталья, добрый день.
Все зависит от условий договора.
Если агент (ваш посредник) действует от имени и за счет принципала (вашей организации), то ККТ применяет принципал.
Если агент действует от своего имени, но за счет принципала, то ККТ обязан применять агент. Вероятнее всего, это ваш сценарий. Далее опишу как действовать при нем.
При получении денег агент на своей ККТ формирует чек на «Предоплату» или «Предоплату 100%», указывает признак "агент" и ИНН принципала.
Чек на зачет аванса формирует тот, кто оказывает услугу, т.е. ваша организация на своей ККТ. Это чек на Полный расчет с зачетом аванса для каждого клиента в момент, когда услугу оказали.

Вы не указали, какие услуги оказываете. В пункте 2.1 ст. 1.2 Закона 54-ФЗ организациям, при оказании услуги в электронной форме, определенных статьей 174.2 Налогового кодекса Российской Федерации, разрешено формировать один общий чек на зачет аванса за месяц, без его отправки клиентам, чек уходит только в ФНС.
Сверьтесь со ст. 174.2 НК РФ, возможно ваша деятельность подпадает под такую "льготу" и тогда можно обойтись одним чеком в месяц. Если нет, то нужно формировать чек каждому клиенту.
Хорошего дня