Заказ в СДЭК выгрузился с неправильной суммой оплаты при получении. Что делать?

Татьяна, добрый день
Верно ли я понимаю, что, получив денежные средства (например, 2000 руб.), вы сформировали чек Приход на правильную стоимость товара (например, 1000 руб.)? А излишне уплаченную сумму через ККТ не проводили? Если так, то верните покупателю лишние деньги без формирования кассового чека.
Согласно требованиям 54-ФЗ ККТ применяют при расчете. «Расчет это – прием (получение) и выплата денежных средств наличными деньгами и (или) в безналичном порядке за товары, работы, услуги…»
В вашем случаем товар стоит 1000 руб., значит чек на Приход нужно сформировать на эту тысячу.
Так как фактически возврата товара не происходит, а вы возвращаете излишне уплаченные деньги, то чек на эту операцию не нужен.

Хорошего дня