Каким документом оформить зачет аванса, если окончательный расчет за физлицо перечисляет юрлицо, а чек ККТ на эту часть не выбивается?

Максим, добрый день.
Смотрите как получается.
1. Чтобы принять решение, формировать или нет чек при получении предоплаты, важно понять, с кем происходит расчет (т.е. кто заплатил):
• физлицо - формируем,
• ЮЛ или ИП оплатил наличными или картой - формируем, в остальных случаях - нет.
И не имеет значения, с кем заключен договор.
2. Чтобы понять, нужен ли чек на Полный расчет с зачетом этой оплаты, снова смотрим, с кем заключен происходит расчет (т.е. кому отгружаем товар):
- если с физлицом, то владелец кассы обязан сформировать чек на зачет предоплаты. Так как при расчетах с физлицами кассу применяют не только при наличных и безналичных оплатах, но еще и при зачете предоплаты и передаче товара в кредит.
- а вот, если отгружаем ЮЛ, то обязанности формировать чек на зачет предоплаты нет, так как при расчетах с ЮЛ (ИП) кассу применяют только при наличных оплатах или картой, а все остальные способы оплаты не проводятся через кассу. (Письмо ФНС от 21.08.2019 № АС-4-20/16571@ (п. 1) )

Т.е. в вашей ситуации, так как договор с физлицом, то сформируйте чек на Полный расчет, укажите полную стоимость товара и зачтите обе предоплаты.

И еще, то что при получении оплаты от ЮЛ можно не формировать чек, на самом деле не запрещает его сформировать. Т.е. для удобства учета вы можете применить ККТ при получении обеих оплат.

Хорошего дня