Что делать с доходами, полученными в период НПД, после перехода на УСН и аннулирования чеков налоговой?

Добрый день,
Для ответа на ваш вопрос следует понимать по какой причине налоговая инспекция аннулировала чеки и вернула оплату налога: ИП изначально не имел права на применение НПД (например, по виду деятельности) или в процессе применения НПД утратил право на эту систему налогообложения (например, при превышении лимита дохода):

- Если ИП изначально не имел права на применение НПД, то ранее полученный доход учитывается в рамках ОСНО или УСН (если было подано заявление на применение УСН). Соответственно, в этом случае, надо рассчитать и уплатить налоги по ОСНО или УСН и подать декларации: при ОСНО – декларация по форме 3-НДФЛ + декларация по НДС; при УСН – декларация по УСН и возможно – декларация по НДС, если по размеру доходов ИП признается плательщиком НДС.

- Если ИП в процессе применения НПД утратил право на эту систему налогообложения, то он может перейти на УСН. Порядок перехода установлен п. 6 ст. 15 Федерального закона от 27.11.2018 N 422-ФЗ).
ИП на НПД направляют в налоговый орган Уведомление о переходе на УСН в связи с утратой права на применение НПД по форме, рекомендованной Письмом ФНС РФ от 20.12.2019 N СД-4-3/26392@ (если ИП переходит на УСН), в течение 20 календарных дней с даты снятия с учета ИП в качестве плательщика НПД (Письмо ФНС РФ от 20.12.2019 N СД-4-3/26392@). В случае утраты права на уплату НПД налоговый орган снимает ИП с налогового учета в качестве плательщика НПД.
Разъяснения приведены на официальном сайте ФНС РФ https://www.nalog.gov.ru/rn53/news/activities_fts/14958070/.

С уважением, А. Грешкина