На расчетный счет ООО поступили деньги от физлица разными платежами. Как исправить ситуацию с вовремя непробитыми чеками?

Добрый день.
Чек нужно формировать при расчете. Очень упрощенно под расчетом в 54-ФЗ понимается прием наличных или безналичных денег за товар, прием предоплаты за товар и зачет этой предоплаты (полное описание можно прочитать здесь).

Если чек в момент расчета не был сформирован, то нужно сформировать чек коррекции по каждому факту, когда не была применена ККТ.
Т.е. если вы получили две предоплаты, потом зачли эти предоплаты в момент отгрузки товара, и не сформировали ни одного чека по этим операциям, то вам нужно сформировать два чека коррекции на получение каждой предоплаты и один чек коррекции на полный расчет с зачетом этих предоплат.
Детали оформления описаны у нас в статье Возврат или коррекция? Исправляем ошибки в кассовых чеках.

Хорошего дня