У гражданина Литвы нет миграционной карты и визы. Как ставить на учет?

Добрый день.
Да, можете. Вид на жительство заменяет визу, так в соответствии с Федеральным законом от 25.07.2002 N 115-ФЗ вид на жительство - это документ, выданный иностранному гражданину или лицу без гражданства в подтверждение их права на постоянное проживание в Российской Федерации, а также их права на свободный выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию.
Миграционная карта тоже не нужна в соответствии со ст.3 "Соглашение между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Беларусь об использовании миграционной карты единого образца" (Заключено в г. Москве 05.10.2004) (ред. от 06.04.2017).