Вам отвечает эксперт Справочно-правового сервиса Норматив https://normativ.kontur.ru/
Добрый день!
В соответствии в пп. 13 п. 1 ст. 265 НК РФ в составе внереализационных расходов учитываются расходы в виде признанных должником или подлежащих уплате должником на основании решения суда, вступившего в законную силу, штрафов, пеней и (или) иных санкций за нарушение договорных или долговых обязательств.
В статье прямо не указано, при нарушении каких договорных обязательств – гражданско-правовых или трудовых – она применяется.
Таким образом, этот подпункт можно применять в отношении к компенсации за задержку заработной платы.
В ст. 270 НК РФ такая компенсация не поименована.
Эта позиция подтверждается и судебной практикой (постановления ФАС Волго-Вятского округа от 11 августа 2008 г. № А29-5775/2007, Уральского округа от 14 апреля 2008 г. № Ф09-2239/08-С3, Поволжского округа от 8 июня 2007 г. № А49-6366/2006).
В соответствии с пп. 25 ст. 255 НК РФ перечень расходов на заработную плату открыт и к расходам на оплату труда относятся компенсации, предусмотренные нормами законодательства РФ, коллективными и (или) трудовыми договорами.
Исходя из этого, компенсацию за задержку заработной платы можно учесть в расходах как в составе внереализационных расходов, так и в составе расходов на оплату труда. С моей точки зрения, первое аргументировано более уверенно.

Позиция налоговых органов по этому вопросу противоположная, они считают, что пп. 13 п.1 ст. 265 НК РФ распространяется только на гражданско-правовые отношения (Письмо Минфина России от 17 апреля 2008 г. № 03-03-05/38).
Также они считают, что компенсации за задержку заработной нельзя учитывать в составе расходов на оплату труда (Письмо Минфина России от 31 октября 2011 г. № 03-03-06/2/164). Имеются и решения судов, поддерживающие позицию налоговиков (Постановление ФАС Центрального округа от 21 февраля 2008 г. № А09-7868/05-15).

Решение принимать вам.