Можно ли заполнить ЭТрН за другого участника перевозки, например за грузоотправителя и отправить ему на подпись

Да, для этого существует функциональность шаблонов (черновиков). В сервисе можно создать документ с пометкой «За другую организацию». Например, экспедитор может сформировать шаблон титула 1 ЭТрН направить его грузоотправителю для заполнения недостающей информации и подписания. Такой вариант используется и при сценарии со складами временного хранения (СОХ). 

Тогда схема оформления ЭТрН выглядит так: 

1. Заказчик перевозки формирует титул 1 ЭТрН и отправляет складу временного хранения. 
2. Если необходимо, сотрудник СОХ может внести в документ изменения: указать другое время отгрузки, номер пломбы, вес, состояние груза. 
3. Склад временного хранения самостоятельно подписывает титул 1 ЭТрН как лицо, осуществляющее отгрузку (ЛОП).

Для шаблонов также реализован роуминг — направить документ на подпись можно в том числе контрагентам и партнерам, которые работают в сервисе другого оператора.

Инструкция: как создать ЭТрН за другую организацию