Можно ли согласовывать ЭТрН до подписания внутри организации: например водителю с уполномоченным представителем перевозчика

Да, такой сценарий реализован на этапах погрузки и выгрузки. Кладовщик и водитель согласовывают содержание титулов с использованием простой электронной подписи (ПЭП). Вносить замечания и корректировки можно неограниченное число раз. После согласования данных в титуле уполномоченные представители перевозчика и отправителя или получателя подписывают его КЭП.