Как исправить ситуацию с работой на незарегистрированной ККТ и какие последствия грозят?

Анастасия, добрый день.
У нас есть разъясняющая статья Что делать, если чека нет на сайте ФНС? - в ней объяснена логика исправления разного рода ошибок.

В вашей ситуации, чеки были в "мягком карантине" - это ситуация, когда не завершена процедура регистрации или перерегистрации, обычно чеки выходят из карантина как только завершится перерегистрация. Но в вашем случае завершить перерегистрацию уже невозможно, так как налоговая сняла кассу с учета, это значит, что чеки из карантина уже не выйдут, и в базу ФНС не попадут.

Вам нужно снова зарегистрировать ККТ - это именно регистрация, а не перерегистрация, так как ККТ снята с учета в ФНС. Затем нужно сформировать чеки коррекции на все те чеки, которые так и не вышли из карантина. Чеки коррекции - это легальный способ избежать штрафа, закрепленный в КоАП РФ (примечание к ст.14.5)

Если этого не сделать, оштрафовать могут по одной из двух причин:
- нарушение порядка регистрации или перерегистрации ККТ (ч.4 ст.14.5 КоАП РФ):
для ИП - предупреждение или штраф от 1500 до 3000 рублей
для ЮЛ - предупреждение или штраф от 5000 до 10 000 рублей

- либо за неприменение ККТ, так как под неприменением понимается в том числе использование кассовой техники, не зарегистрированной в ФНС (уже есть судебная практика: определение Верховного суда от 26.03.2021 № 305-ЭС21-1993, постановление Арбитражного суда Московского округа от 03.12.2020 № Ф05-17536/2020). В этом случае штрафы выше:
для ИП - от четверти до половины суммы расчета, осуществленного без применения кассы, но не менее 10 000 рублей;
для ЮЛ - от трех четвертых до одного размера суммы расчета, осуществленного без применения ККТ, но не менее 30 000 рублей

Поэтому не затягивайте с чеками коррекции.
Как их оформить - у нас в статье Как исправить ошибку в кассовом чеке: чек коррекции или возврата для ФФД 1.05, 1.1 и 1.2

Хорошего дня